Есть подозрение, что rsync (наблюдал версию 2.6.8) не учитывает каталоги, примонтированные через mount --bind как отдельные файловые системы и, соответственно, не работает -x/--one-file-system. Я сегодня пару часов пытался понять, почему ресинхронизация rsync-ом c -avx (после начального cp -avx, для переезда на другой хард) пытается еще раз перелить 40 гигов данных. Пришлось явно указывать --exclude.