Надо ли? В JavaScript'е ключей пользователя не хранить, пусть пользователь вводит ключи (или длинный пароль, из которого они однозначно получаются) сам (или пусть используется хранилище браузера для ключей, если JavaScript может к нему обращаться).

Чтобы избежать подмены данных, после шифрования можно было бы подписывать данные ключом пользователя, но этот способ уязвим к измене администратора БД, где лежат публичные ключи пользователей.